CCMB

సియస్ఐఆర్ - కణ మరియు అణు జీవవిజ్ఞాన కేంద్రం

ది ఇన్నోవేషన్ ఇంజిన్ ఆఫ్ ఇండియా

×

దివ్య తేజ్ సౌపతి

దివ్య తేజ్ సౌపతి

దివ్య తేజ్ సౌపతి

శాస్త్రవేత్త
బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్, బిగ్ డేటా, జీవశాస్త్రంలో అల్గోరిథంలు
2862
tej[at]ccmb[dot]res[dot]in

పరిశోధన ఆసక్తులు
కణాలలో ఉండే DNA, సమిష్టిగా జీనోమ్ అని పిలుస్తారు, ఇది సెల్యులార్ యంత్రాలు జీవించడానికి మరియు పనిచేయడానికి చదివే సూచనల మాన్యువల్. 
భారతీయుల జన్యువులలోని వైవిధ్యం వారిని ఆరోగ్యం మరియు వ్యాధులలో అసమానతలకు ఎలా దారితీస్తుందో అర్థం చేసుకోవడంలో నా ప్రయోగశాల ఆసక్తి కలిగి ఉంది. 
మేము దీనిని రెండు స్థాయిలలో అధ్యయనం చేస్తాము.

మొదట, మేము అత్యాధునిక అధిక నిర్గమాంశ శ్రేణి సాంకేతికతలను ఉపయోగించి వ్యక్తుల జెనెటిక వేరియేషన్లను గుర్తిస్తాము. పెద్ద దేశవ్యాప్తంగా జనాభా జెనోమిక్స్ ప్రోగ్రాముల భాగంగా, మేము ఆరోగ్యమైన జెనోమ్స్‌లో సహజ వేరియేషన్లను మ్యాప్ చేస్తాము. ముఖ్యంగా, మా ఆసక్తులు రెండు వర్గాల వేరియేషన్లలో ఉంటాయి, అవి స్ట్రక్చరల్ వేరియేషన్లు మరియు టాండమ్ రిపీట్స్ గా అవుతాయి.

మేము అదే డిఎన్ఏ సీక్వెన్స్ ఎలా వేరు వేరు ఫినోటైప్‌లను సృష్టించగలదు అన్నదీ అధ్యయనం చేస్తున్నాము, ఇది ఒకే జీవి యొక్క వివిధ కణ రకాల్లో గమనించబడింది. ఒకే జెనోమ్ ఉన్నప్పటికీ, కణాలు ఎపిజెనెటిక్ పద్ధతుల ద్వారా భిన్నంగా నియంత్రించబడవచ్చు, ఇవి కణ స్పెసిఫిక్ జన్యు వ్యక్తీకరణ నమూనాలను ఫలితంగా తీసుకువస్తాయి. సింగిల్ సెల్ జెనోమిక్ సాంకేతికతలను ఉపయోగించి, వివిధ కణాల జన్యు వ్యక్తీకరణ మరియు ఎపిజెనెటిక్ ప్రొఫైల్స్‌ను విశ్లేషించి కణ విభిన్నతను అర్థం చేసుకుంటాము.

చివరగా, సంక్లిష్ట జీవ వైజ్ఞానిక డేటాను వేగంగా మరియు మెరుగ్గా విశ్లేషించడానికి, అలాగే మరింత పరస్పర మరియు సహజమైన డేటా విజువలైజేషన్‌ కోసం మేము కొత్త కంప్యూటేషనల్ పద్ధతులను అభివృద్ధి చేస్తున్నాము.

ఎంచుకున్న ప్రచురణలు (Selected Publications)

Pathak A.K., Mishra G.P., Uppili B., Walia S., Fatihi S., Abbas T., Banu S., Ghosh A., Kanampalliwar A., Jha A., Fatma S., Aggarwal S., Dhar M.S., Marwal R., Radhakrishnan V.S., Ponnusamy K., Kabra S., Rakshit P., Bhoyar R.C., Jain A., Divakar M.K., Imran M., Faruq M., Sowpati D.T., Thukral L., Raghav S.K., Mukerji M.
SARS-CoV-2 జీనోమ్స్‌లో హోస్ట్ లోపలి వైవిధ్యాల స్థల-కాల గమనికలు.
Nucleic Acids Research, 2022 ఫిబ్రవరి 22; 50(3):1551–1561.
doi: 10.1093/nar/gkab1297

Kumar V.J., Banu S., Sasikala M., Parsa K.V.L., Sowpati D.T., Yadav R., Tallapaka K.B., Siva A.B., Vishnubhotla R., Rao G.V., Reddy D.N.
SARS-CoV-2 యొక్క B.1.617.2 (డెల్టా) వేరియంట్‌పై REGEN-COV యాంటీబాడీ కాక్‌టెయిల్ ప్రభావశీలత: ఒక కోహోర్ట్ అధ్యయనం.
Journal of Internal Medicine, 2022 మార్చి; 291(3):380–383.
doi: 10.1111/joim.13408

Singh N.K., Srivastava S., Zaveri L., Bingi T.C., Mesipogu R., Kumar V.S., Gaur N., Hajirnis N., Machha P., Shambhavi S., Khan S., Soujanya M., Nagabandi T., Mishra R.K., Tallapaka K.B., Sowpati D.T.†
COVID-19 రోగుల్లో SARS-CoV-2 ఇన్ఫెక్షన్‌కు హోస్ట్ ట్రాన్స్‌క్రిప్షనల్ ప్రతిస్పందన.
Clinical and Translational Medicine, 2021 సెప్టెంబర్; 11(9):e534.
doi: 10.1002/ctm2.534

Kulkarni O., Narreddy S., Zaveri L., Kalal I.G., Tallapaka K.B., Sowpati D.T.†
స్పైక్ ప్రోటీన్‌లో మార్పులు లేకుండా SARS-CoV-2 రీ-ఇన్ఫెక్షన్‌కు ఆధారాలు.
Clinical Infectious Diseases, 2021 ఫిబ్రవరి 16: ciab136.
doi: 10.1093/cid/ciab136

Banu S., Jolly B., Mukherjee P., Singh P., Khan S., Zaveri L., Shambhavi S., Gaur N., Reddy S., Kaveri K., Srinivasan S., Gopal D.R., Siva A.B., Thangaraj K., Tallapaka K.B., Mishra R.K., Scaria V., Sowpati D.T.†
భారతదేశంలోని SARS-CoV-2 ఐసోలేట్ల ప్రత్యేక ఫైలోజెనెటిక్ క్లస్టర్.
Open Forum Infectious Diseases, 2020 సెప్టెంబర్ 18; 7(11):ofaa434.
doi: 10.1093/ofid/ofaa434

Saha P., Sowpati D.T., Soujanya M., Srivastava I., Mishra R.K.
పెరిసెంట్రోమెరిక్ జీనోమ్ నిర్మాణం మరియు క్రోమాటిన్ ల్యాండ్‌స్కేప్ పరస్పర చర్యలు Drosophila melanogaster లోని హెటెరోక్రొమాటిక్ జీన్ల వ్యక్తీకరణను నియంత్రిస్తాయి.
Epigenetics & Chromatin, 2020 అక్టోబర్ 7; 13(1):41.
doi: 10.1186/s13072-020-00358-4

Avvaru A.K., Sharma D., Verma A., Mishra R.K., Sowpati D.T.
MSDB: మైక్రోశాటెలైట్‌లకు సంబంధించిన సమగ్రంగా వ్యాఖ్యానించిన డేటాబేస్.
Nucleic Acids Research, 2020 జనవరి 8; 48(D1):D155–D159.
doi: 10.1093/nar/gkz886

విద్య మరియు అనుభవం

P.G:

జంతుశాస్త్రం; శ్రీ వెంకటేశ్వర విశ్వవిద్యాలయం, తిరుపతి; 2002

Ph.D:

హైదరాబాద్ విశ్వవిద్యాలయం/సెంటర్ ఫర్ DNA ఫింగర్ ప్రింటింగ్ అండ్ డయాగ్నస్టిక్స్, హైదరాబాద్; బయోకెమిస్ట్రీ; 2012

Post.Doc:

రీసెర్చ్ అసోసియేట్; ఇండియన్ ఇన్స్టిట్యూట్ ఆఫ్ టెక్నాలజీ, ఢిల్లీ; 2012 – 2013

రీసెర్చ్ అసోసియేట్, CSIR-CCMB ; 2013 – 2014 ;

ప్రాజెక్ట్ సైంటిస్ట్; CSIR-CCMB; 2014 – 2019

టీమ్ సభ్యులు

team-members-pic
Divya Tej Sowpati
Divya Tej Sowpati

Scientist-D

Scientist-D

Nitesh Kumar Singh
Nitesh Kumar Singh

Senior Technical Officer II

Senior Technical Officer II

Pratheusa Machha
Pratheusa Machha

Senior Research Fellow

Senior Research Fellow

Onkar Kulkarni
Onkar Kulkarni

Junior Research Fellow

Junior Research Fellow

Nuthalapati Poojitha
Nuthalapati Poojitha

Junior Research Fellow

Junior Research Fellow

Arvind Kumar
Arvind Kumar

Junior Research Fellow

Junior Research Fellow

Sofia Banu
Sofia Banu

Junior Research Fellow

Junior Research Fellow

Anukrati Sharma
Anukrati Sharma

Junior Research Fellow

Junior Research Fellow

Vanamamalai Venkata Krishna
Vanamamalai Venkata Krishna

Project Scientist-I

Project Scientist-I

Payel Mukherjee
Payel Mukherjee

Research Assistant

Research Assistant

Victor Bannerjee
Victor Bannerjee

Project Associate

Project Associate

Malini Nemalikanti
Malini Nemalikanti

Project Associate

Project Associate

Priya Singh
Priya Singh

Project Associate - I

Project Associate - I

Reuben Jacob Mathew
Reuben Jacob Mathew

Project Associate

Project Associate

Sreelekshmi M S
Sreelekshmi M S

Project Associate

Project Associate

Kottapalli Srividya
Kottapalli Srividya

Project Associate

Project Associate

Isha Choubey
Isha Choubey

Project Associate-I

Project Associate-I

ప్రకాశనాలు

శీర్షిక

పత్రిక

సంవత్సరం

The unique N-terminal region of Mycobacterium tuberculosis Sigma Factor A (σA) plays a dominant role in the essential function of this protein
J Biol Chem
2023
A cross-sectional study on the nasopharyngeal microbiota of individuals with SARS-CoV-2 infection across three COVID-19 waves in India
Front Microbiol
2023
SARS-CoV-2 Variant Delta Potently Suppresses Innate Immune Response and Evades Interferon-Activated Antiviral Responses in Human Colon Epithelial Cells.
Microbiology Spectrum.
2022
Spatio-temporal dynamics of intra-host variability in SARS-CoV-2 genomes
Nucleic Acids Res
2022
SARS-CoV-2 seroprevalence in the city of Hyderabad, India in early 2021
IJID Reg.
2022
Transmission of B.1.617.2 Delta variant between vaccinated healthcare workers.
Sci Rep
2022
Clinical outcomes in individuals hospitalized with SARS-CoV-2 Delta variant (B.1.617.2) who had been vaccinated with Covishield (ChAdOx1) and Covaxin (BBV-152)
IJID Reg
2022
C3G Regulates STAT3, ERK, Adhesion Signaling, and Is Essential for Differentiation of Embryonic Stem Cells.
Stem Cell Rev Rep. 2021 Aug;17(4):1465-1477. doi: 10.1007/s12015-021-10136-8. Epub 2021 Feb 23. PMID: 33624208; PMCID: P
2021
Effectiveness of REGEN-COV antibody cocktail against the B.1.617.2 (delta) variant of SARS-CoV-2: A cohort study.
J Intern Med. 2021 Nov 1. doi: 10.1111/joim.13408. Epub ahead of print. PMID: 34719811.
2021
Genomic characterization and epidemiology of an emerging SARS-CoV-2 variant in Delhi, India.
Science. 2021 Oct 14:eabj9932. doi: 10.1126/science.abj9932. Epub ahead of print. PMID: 34648303.
2021
Host transcriptional response to SARS-CoV-2 infection in COVID-19 patients.
Clin Transl Med. 2021 Sep;11(9):e534. doi: 10.1002/ctm2.534. PMID: 34586723; PMCID: PMC8453261.
2021
Evidence of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Reinfection Without Mutations in the Spike Protein.
Clin Infect Dis. 2021 Sep 7;73(5):e1239-e1241. doi: 10.1093/cid/ciab136. PMID: 34492695; PMCID: PMC7929054.
2021
SARS-CoV-2 B.1.617.2 Delta variant replication and immune evasion.
Nature. 2021 Sep 6. doi: 10.1038/s41586-021-03944-y. Epub ahead of print. PMID: 34488225.
2021
SARS-CoV-2 genomics: An Indian perspective on sequencing viral variants.
J Biosci. 2021;46(1):22. doi: 10.1007/s12038-021-00145-7. PMID: 33737495; PMCID: PMC7895735.
2021
Tissue- specific transcriptome recovery on withdrawal from chronic alcohol exposure in zebrafish.
Alcohol. 2021 Mar;91:29-38. doi: 10.1016/j.alcohol.2020.10.001. Epub 2020 Oct 8. PMID: 33038458.
2021
Transcriptomic dataset of zebrafish tissues following chronic alcohol exposure and withdrawal.
Data Brief. 2020 Oct 21;33:106442. doi: 10.1016/j.dib.2020.106442. PMID: 33163595; PMCID: PMC7607250.
2020
Interplay of pericentromeric genome organization and chromatin landscape regulates the expression of Drosophila melanogaster heterochromatic genes.
Epigenetics Chromatin. 2020 Oct 7;13(1):41. doi: 10.1186/s13072-020-00358-4. PMID: 33028366; PMCID: PMC7541242.
2020
Ancient mtDNA from the extinct Indian cheetah supports unexpectedly deep divergence from African cheetahs
Scientific Reports DOI: 10.1038/s41598-020-60751-7
2020
A Distinct Phylogenetic Cluster of Indian Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Isolates.
Open Forum Infect Dis. 2020 Sep 18;7(11):ofaa434. doi: 10.1093/ofid/ofaa434. PMID: 33200080; PMCID: PMC7543508.
2020
Long-Read Genome Sequencing and Assembly of Leptopilina boulardi: A Specialist Drosophila Parasitoid.
G3 (Bethesda). 2020 May 4;10(5):1485-1494. doi: 10.1534/g3.120.401151. PMID: 32217632
2020
MSDB: a comprehensive, annotated database of microsatellites.
Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D155-D159. doi: 10.1093/nar/gkz886. PMID: 31599331
2020
Epigenomic and genomic landscape of Drosophila melanogaster heterochromatic genes.
Genomics. 2019 Mar;111(2):177-185. doi:10.1016/j.ygeno.2018.02.001. Epub 2018 Feb 10. PMID: 29432976.
2019
The putative Neuronatin imprint control region is an enhancer that also regulates the Blcap gene.
Epigenomics. 2019 Feb;11(3):251-266. doi: 10.2217/epi-2018-0060. Epub 2019 Jan 23. PMID: 30672333.
2019
Patterns of microsatellite distribution across eukaryotic genomes.
BMC Genomics. 2019 Feb 22;20(1):153. doi: 10.1186/s12864-019-5516-5. PMID: 30795733;
2019
PERF: an exhaustive algorithm for ultra-fast and efficient identification of microsatellites from large DNA sequences.
Bioinformatics. 2018 Mar 15;34(6):943-948. doi: 10.1093/bioinformatics/btx721. PMID: 29121165.
2018
MSDB: A Comprehensive Database of Simple Sequence Repeats.
Genome Biol Evol. 2017 Jun 1;9(6):1797-1802. doi: 10.1093/gbe/evx132. PMID: 28854643;
2017
C-State: an interactive web app for simultaneous multi-gene visualization and comparative epigenetic pattern search.
BMC Bioinformatics. 2017 Sep 13;18(Suppl 10):392. doi:10.1186/s12859-017-1786-6. PMID: 28929968
2017
Genome-wide non-CpG methylation of the host genome during M. tuberculosis infection.
Sci Rep. 2016 Apr 26;6:25006. doi: 10.1038/srep25006. PMID: 27112593
2016
Single Amino Acid Repeats in the Proteome World: Structural, Functional, and Evolutionary Insights.
PLoS One. 2016 Nov 28;11(11):e0166854. doi: 10.1371/journal.pone.0166854. PMID: 27893794
2016
Human mesenchymal stem cells: New sojourn of bacterial pathogens.
Int J Med Microbiol. 2015 May;305(3):322-6. doi: 10.1016/j.ijmm.2015.01.001. Epub 2015 Jan 13. PMID: 25648374.
2015
Expansion of the polycomb system and evolution of complexity.
Mech Dev. 2015 Nov;138 Pt 2:97-112. doi: 10.1016/j.mod.2015.07.013. Epub 2015 Aug 7. PMID: 26259680.
2015
Gene cooption in mycobacteria and search for virulence attributes: comparative proteomic analyses of Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium indicus pranii and other mycobacteria.
Int J Med Microbiol. 2014 Jul;304(5-6):742-8. doi: 10.1016/j.ijmm.2014.05.006. Epub 2014 May 29. PMID: 24951307.
2014
A ChIP- on-chip tiling array approach detects functional histone-free regions associated with boundaries at vertebrate HOX genes.
Genom Data. 2014 May 10;2:78-81. doi: 10.1016/j.gdata.2014.05.001. PMID: 26484075
2014
An intronic DNA sequence within the mouse Neuronatin gene exhibits biochemical characteristics of an ICR and acts as a transcriptional activator in Drosophila.
Mech Dev. 2008 Nov-Dec;125(11-12):963-73. doi: 10.1016/j.mod.2008.08.002. Epub 2008 Aug 28. PMID: 18789387.
2008

This will close in 0 seconds

Skip to content